Laboratorio dotato di piattaforma Affymetrix in cui è possibile eseguire analisi a livello di RNA e di DNA anche con servizio a pagamento per clienti esterni al nostro Dipartimento. Dal 2003 ad oggi abbiamo accumulato un’esperienza di ibridizzazione di oltre 700 chips di espressione, comprendenti l’analisi di geni, miRNA ed esoni utilizzando campioni umani, murini, di ratto e di lievito. Più recentemente abbiamo inoltre attivato il nuovo kit di analisi per Oncoscan FFPE, dedicato all’analisi del “copy number” e di perdita di eterozigosi (LOH) di campioni di tumore solido in cui il DNA è degradato dall’inclusione in paraffina. Il nostro servizio inoltre utilizza il saggio DMET che costituisce l’attuale golden standard per gli studi di farmacogenetica che consente di scoprire i biomarcatori di sensibilità ad un farmaco, di identificare la popolazione di pazienti a rischio di eventi avversi, di ottimizzare la selezione dei pazienti da arruolare nei trial clinici e di investigare il meccanismo di azione dei farmaci. Infine nel laboratorio di genomica funzionale è possibile eseguire analisi di mutazioni e stato di metilazione a livello di DNA mediante pirosequenziamento. E’ attrezzato con i seguenti strumenti:

• Piattaforma Affymetrix per l’analisi di acidi nucleici costituita da forno di ibridizzazione, modulo per la marcatura dei microarray, scanner per la lettura degli array e software per l’acquisizione dati (responsabile Prof.ssa Mandruzzato).
• Stazione di ibridizazione a-Hyb (Miltenyi Biotech) per l’analisi dei microRNA .
• Strumento per Real-time PCR 7900HT (Applied Biosystems).
• Strumento per Real-time PCR Light Cycler 480 II (Roche).
• Pirosequenziatore Q96 (Qiagen).­
• Sequenziatore di next generation sequencing.

Coordinatore
Dr.Susanna Mandruzzato
susanna.mandruzzato@unipd.it

Collaboratori
Dr. Elisabetta Rossi
elisabetta.rossi@unipd.it
Dr. Sonia Anna Minuzzo
sonia.minuzzo@unipd.it